1. A belső ellenőri munka minden esetben egy vizsgálati programmal indul, ahol összegyűjtésre kerülnek a már kiválasztott vizsgált témára, folyamatra vonatkozó elvárások, kontrollcélok. Ennek alapján kerül meghatározásra, hogy az adott kontroll tesztelése milyen munkamódszerrel fog történni (pl.: megfigyelés, szóbeli, írásbeli interjú, dokumentáció tesztelése, adatelemzés, mintavételi eljárás, stb.).

2. A kontrollok tesztelése dokumentáltan történik ellenőrzési munkalapok alkalmazásával, amelyek strukturáltan foglalják össze az egyes ellenőrzési fázisok munkamódszereit és a kapott eredményeket, így biztosítva, hogy valamennyi beazonosított kontrollcél tesztelés megtörténik.

3. Végül a vizsgálati eredmények belső ellenőri jelentésben kerülnek összefoglalásra, ahol a COSO módszertan szerinti tematikában láthatóak az egyes megállapítások, a belőlük levont következtetések és a fejlesztésre, javításra vonatkozó javaslatok. A megállapítások magas, közepes és alacsony kockázati szintre kerülnek besorolásra.